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La biodiversité est un patrimoine commun et représente en ce sens un enjeu de conservation mondial.
Ce patrimoine est fragile et fragilisé par nos activités (aménagements et fragmentation des espaces naturels, pollutions diverses ponctuelles et diffuses, transports et propagation d’espèces invasives, et le changement climatique….).

Au sein des sites Natura 2000 du réseau écologique européen, l’objectif est de concilier les exigences écologiques des habitats naturels et des espèces avec les activités économiques sociales et culturelles ou les particularités locales.
A télécharger : Brochure Natura 2000 en France

De nombreuses zones Natura 2000 sont présentes sur le territoire du SAGE et du Contrat de territoire Haut-Doubs Haute-Loue, telles :
La France privilégie une démarche contractuelle et volontaire de mise en œuvre des directives européennes Oiseaux, Habitats, Faune, Flore, en lien avec les propriétaires et les usagers (agriculteurs, forestiers, pêcheurs, chasseurs, collectivités…) à travers notamment des contrats rémunérés et des chartes.
De plus, afin de préserver les habitats et espèces des impacts de certains projets, la France fait appliquer les règlements européens à travers l’élaboration de listes de plans, programmes, projets et manifestations qui pourront être soumis à une étude d’évaluation des incidences.
A chaque site Natura 2000 est attaché un plan de gestion de référence : le document d’objectifs.